Przy ul. Łagiewniki na gdańskim Starym Mieście wznosi się nieduży jednonawowy kościół z umieszczoną od strony zachodniej niewysoką wieżą. Kościół ten, jak i przyległy do niego teren, mają interesującą i długą historię.
Jego początki sięgają 1415 r., kiedy w tym miejscu powstała kaplica pw. św. Jakuba Apostoła Większego, zwanego też Starszym (a dokładniej poświęcona również św. Krzysztofowi i św. Katarzynie) przy utworzonym rok wcześniej szpitalu pod tym samym wezwaniem. Szpital ten stanowił przytułek dla starych i chorych żeglarzy i ich rodzin; powstał z inicjatywy gdańskiej gildii szyprów. Warto przypomnieć, że św. Jakub był patronem żeglarzy i pątników.
Kaplica została konsekrowana 18 III 1415 r. przez wikariusza generalnego biskupa włocławskiego Ulryka. Podlegała kościołowi św. Katarzyny. Były to czasy panowania zakonu krzyżackiego w naszym mieście, dlatego wydawanie wszelkich zezwoleń budowlanych należało do komtura gdańskiego. W 1431 r. udzielił takiej zgody na rozbudowę, zarówno kaplicy, jak i szpitala św. Jakuba. Konsekracji świątyni po rozbudowie dokonano 1 VIII 1433 r., przy czym niestety już wkrótce ów kompleks budynków został spalony przez Husytów.
W lipcu 1436 r. bp. Genezjusz Campora dał odpust osobom wspierającym odbudowę kościoła. Historyk literatury, profesor Uniwersytetu Gdańskiego, Jerzy Samp wspomniał w jednej ze swych publikacji, iż biskup ten wracając drogą morską z wyprawy do Ziemi Świętej zatrzymał się w tamtym czasie właśnie w szpitalu św. Jakuba. Wokół świątyni rozsypał ziemię pochodzącą z Pola Garncarza z Jerozolimy, przeznaczając ten teren na cmentarz dla pensjonariuszy przytułku.
W tamtym samym czasie list odpustowy dla darczyńców wystawił również ówczesny papież, Eugeniusz IV.
Ponownego poświęcenia odbudowanego kościoła dokonał 22 V 1437 r. bp. Godswinus ze Skalholt w Islandii. Od tej pory nowy budynek szpitalny przylegał do północnej ściany kościoła. Prawdopodobnie kościół miał wówczas jednonawowy korpus (z sygnaturką) dobudowany do starszego prezbiterium. W czasach reformacji stał się świątynią luterańską. Od 1551 r. wygłaszano w nim kazania także w języku polskim.
12 VII 1636 r. od uderzenia pioruna spłonął zarówno kościół, jak i szpital. 6 III 1637 r. położono kamień węgielny pod obecną wieżę; w rocznicę pożaru odprawiono pierwsze po odbudowie nabożeństwo. Prace przy wieży (która otrzymała barokowy hełm) zakończono dopiero w 1639 r. W 1668 r. zawieszono na niej dzwon odlany przez Absaloma Wittwercka. Wnętrze kościoła pokryto malowidłami dzięki wsparciu fundacji Klary Feller.
Obok kościoła założono ogród i podwórzec gospodarczy. Przylegała do niego łąka, na której bielono szpitalne płótna. Całe założenie zajmowało teren ograniczony obecnymi ulicami: Łagiewniki, Aksamitną i Wałową. Wzdłuż wspomnianych ulic wzniesiono zabudowania z mieszkaniami dla kaznodziei oraz służby szpitalnej. Jak podaje Hanna Domańska, autorka licznych publikacji poświęconych historii Gdańska i Ziemi Kaszubskiej, budynki te miały kształt typowych gdańskich kamieniczek i ozdobione były kamieniarką o motywach morskich. W nich także okresowo zbierali się członkowie Bractwa Żeglarskiego, chociaż ich stała siedziba znajdowała się w reprezentacyjnej kamienicy przy ul. Św. Ducha 82 (według powojennej numeracji 109).
W 1666 r. zamknięto cmentarz przylegający do kościoła. Odtąd pochówki miały miejsce tylko we wnętrzu kościoła. Pierwsze organy ufundowane dla kościoła św. Jakuba poświęcono 30 I 1667 r. Drugie organy umieszczono tu w 1699 r., a trzecie w 1708 r. W 1782 r. przeprowadzono generalny remont świątyni. W 1807 r. Francuzi, którzy wówczas przejęli władzę w mieście, wnętrze tego kościoła przeznaczyli na cele wojskowe (przetrzymywali w nim jeńców). Ale już w lutym następnego roku przywrócono kościół do celów kultu religijnego.
Pechowy dla kościoła oraz przylegających do niego budynków okazał się dzień 6 XII 1815 r., kiedy to doszło do wybuchu pobliskiej Baszty Prochowej. Śmierć poniosły cztery pensjonariuszki przytułku. Kościół stracił hełm wieży; uszkodzeniu też uległ jego dach.
Z powodu braku funduszy na odbudowę wyprzedano wyposażenie kościoła. Po odbudowie wydzierżawiono go Bibliotece Miejskiej (przeniesionej z pofranciszkańskiego budynku klasztornego przy ul. Rzeźnickiej) i Szkole Nawigacyjnej utworzonej 19 XI 1817 r. Wnętrze świątyni zostało przebudowane zgodnie z nowymi potrzebami. Zbiory biblioteczne umieszczono w dawnej nawie. Prezbiterium (przeznaczone na cele szkolne) oddzielono od nawy oraz całość podzielono na trzy kondygnacje. Dodatkowe wejście do siedziby szkoły powstało w oknie po lewej stronie dawnego prezbiterium, do którego prowadził drewniany podest. Na wieży pozbawionej hełmu (dopiero w 1881 r. osadzono na niej hełm z wyburzonej Bramy św. Jakuba) umieszczono obserwatorium astronomiczne Szkoły Nawigacyjnej – znajdowało się tam do momentu uzyskania przez nią własnej siedziby w 1826 r. przy ul. Karpiej.
Wtedy do prezbiterium przeniesiono zbiory dzieł sztuki podarowane miastu przez kupca Jakoba Kabruna. Ponadto w latach 1832 – 1845 miało tu swą siedzibę Towarzystwo Przyrodnicze.
Od 1860 r. cały budynek dawnego kościoła zajęła biblioteka, w 1904 r. przeniesiona do wzniesionego specjalnie dla niej nowego budynku (ob. tzw. stary budynek Biblioteki Gdańskiej PAN przy ul. Wałowej).
W 1906 r. zarząd szpitala sprzedał budynek dawnego kościoła Zachodniopruskiej Izbie Rzemieślniczej, która urządziła tu Zachodniopruską Halę Przemysłową w Gdańsku (Westpreußische Gewerbehalle zu Danzig).
Służyła ona wystawom maszyn i bibliotece technicznej. W czasie I wojny światowej wnętrze wykorzystano jako szpital wojskowy, zaś po jej zakończeniu – ponownie, jako miejsce wystaw rzemieślniczych i przemysłowych.
W czasie II wojny światowej budynek nie uległ większym zniszczeniom; dotyczyły one jedynie dachu i okien. 22 XII 1946 r. został konsekrowany przez administratora apostolskiego w Gdańsku, ks. Andrzeja Wronkę. Nowymi gospodarzami zostali kapucyni, którzy dokonali przebudowy wnętrza – usunęli dawne podziały oraz stopniowo zadbali o nowe wyposażenie. 13 VI 1948 r. świątynia posiadająca dwa ołtarze (główny poświęcony Matce Bożej i boczny św. Antoniego) oraz ambonę, została otwarta dla wiernych.
W latach 1952 – 54 i 1956 malarka Zofia Baudouin de Courtenay wykonała na ścianach prezbiterium malowidła, które niestety nie zachowały się. Obecnie ściany zarówno prezbiterium, jak i nawy pomalowane jest na jednolity kolor.
W ścianie wschodniej prezbiterium znajduje się duże okno zwieńczone ostrołukowo – a w nim witraż przedstawiający sceny biblijne, świętych i anioły. Po jego obu stronach umieszczono na ścianie, na konsolach dwie figury: Matki Boskiej z Dzieciątkiem i św. Franciszka.
Po obu stronach nawy ustawione są ołtarze poświęcone: Janowi Pawłowi II, Ojcu Pio, Matce Bożej Nieustającej Pomocy i Miłosierdziu Bożemu.
Niektóre elementy wystroju nawiązują do przeszłości kościoła, będącego świątynią żeglarzy, jak chociażby model żaglowca zawieszony nad prezbiterium, albo tablica ufundowana przez Bractwo Kaphornowców upamiętniająca żeglarzy, którzy zginęli wokół przylądka Horn.
Jest też tablica, z której możemy dowiedzieć się, jakoby w XV w. w szpitalu św. Jakuba miał spędzić ostatnie lata życia (i tu zostać pochowany) słynny gdański kaper, Paweł Beneke. Jak wiemy, ów żeglarz zasłynął z przywiezienia do Gdańska, wiosną 1473 r. z jednej z morskich wypraw, zrabowanych cennych łupów, wśród których znalazł się obraz „Sąd Ostateczny” Hansa Memlinga (prezentowany obecnie w Muzeum Narodowym przy ul. Toruńskiej).
Nieduża reprodukcja owego dzieła sztuki znajduje się w tymże kościele tuż obok wspomnianej tablicy. Możemy również zobaczyć model okrętu, którym podczas słynnej wyprawy dowodził Paweł Beneke.
Na emporze znajdującej się na ścianie zachodniej kościoła w 1966 r. umieszczono siedemnastogłosowe organy.
W pobliżu kościoła znajdują się dwa obiekty, które przed wojną należały do szpitala św. Jakuba. Są to: XIX – wieczny budynek (z elementami kamieniarki z XVII i XVIII w.) przy ul. Łagiewniki 63, w którym mieści się dom zakonny kapucynów oraz dom z początku XX w. (z płaskorzeźbą w portalu przedstawiającą żaglowiec) przy ul. Aksamitnej 9 A pełniący obecnie funkcje mieszkalne.
