Już w 1387 r. istniała na Długich Ogrodach przyszpitalna, może jeszcze drewniana, kaplica określana jako Barbara Capella. Około 1430 r. wzniesiono nową, znacznie większą budowlę, przy której w 1456 r. erygowana została samodzielna parafia.
Pod koniec XV w. kilkakrotne pożary niszczyły zarówno szpital, jak i świątynię, nadwątlając jej mury. Po kolejnym pożarze w 1545 r. wzniesiono przypory wzmacniające, a w końcu XVI w. odbudowano wieżę, na której w 1619 r. zamontowano zegar. W tym samym roku wieżę zwieńczono hełmem.
W latach 1726–1728 dokonano przebudowy zasadniczo zmieniającej charakter kościoła. Do istniejącej budowli gotyckiej dodano węższą i niższą nawę południową, tworząc tym sposobem wnętrze dwunawowe, zamknięte barokowymi szczytami. Równocześnie podobną formę nadano wschodniemu szczytowi, przedtem ozdobionemu gotyckimi sterczynami.
Bez dalszych istotnych zmian kościół przetrwał w XVIII-wiecznej formie do roku 1945, kiedy w trakcie działań wojennych zawaliły się ściany szczytowe, górna kondygnacja wieży oraz dachy, a wraz z nimi większość sklepień. W 1956 r. podjęto prace remontowe, a w 1959 r. przejął świątynię Kościół Katolicki (przez 400 poprzednich lat zawiadywali nią protestanci). W 1966 r., na polecenie urbanistycznych władz miejskich, bezmyślnie rozebrano nawę południową. W 1972 r. odbudowano wieżę i rozpoczęto montowanie współczesnych witraży z brył kolorowego szkła osadzonego w betonie (wg projektu Barbary Massalskiej).
Zobacz: Kościół św. Barbary 1933-2014
Wirtualna podróż po przedwojennym Gdańsku – opracował Andrzej Ługin
Ciekawa historia, mam sentyment do tej świątyni, słyszałem opowieści jakie wyczyny dokonali w niej żołnierze sowieccy w 45, ponoć resztki kocich łbów na plebani są bardzo stare