Po drugim rozbiorze Polski książę Józef Poniatowski popadł w depresję z braku poczucia stabilizacji oraz konkretnego celu dalszego działania. Najbliższe miesiące spędził na wojażach po Europie.
Otaczał się przedstawicielami tamtejszej arystokracji o zapatrywaniach kosmopolitycznych. Z niechęcią obserwował walki toczone przez rewolucyjną armię francuską. Twierdził, że „tyrania ludowa – najbardziej okrutna i najbardziej arbitralna, która przyjmuje maskę wolności, aby uciskać, grabić i gnębić”, przypomina mu politykę trzech mocarstw ościennych wobec Polski. Obiektywnie oceniał sytuację swego kraju, przewidując jego rychły upadek. Boleśnie odczuł rozkaz króla dotyczący odesłania mu orderu Virtuti Militari (na polecenie Katarzyny II).
Po wybuchu insurekcji kościuszkowskiej król wezwał bratanka do kraju. Prawdopodobnie dla „osłabienia nastrojów antyrojalistycznych i wzmocnienia własnego oddziaływania na insurekcję, a także dla ochrony własnej osoby przed ewentualnym niebezpieczeństwem”. Obawiał się, że podzieli los Ludwika XVI, ponieważ część przywódców powstania wyrażała nastroje radykalne (wzorem francuskich jakobinów), które z czasem zahamował Kościuszko.
Książę był witany chłodno przez przywódców insurekcji. Odżyły dawne, wzajemne urazy między Poniatowskim a obecną czołówką generalicji. Również dawni podkomendni księcia byli do niego nastawieni negatywnie.
Niemniej Naczelnik (czyli Kościuszko) wyraził zgodę, by ks. Poniatowski wziął udział w powstaniu – wstąpił do dywizji gen. Mokronowskiego, która w rejonie Błonia osłaniała stolicę przed atakiem oddziałów pruskich i rosyjskich. Rozpoczęły one oblężenie miasta 13 VII. W czasie jednej z potyczek książę doznał kontuzji. W tamtym czasie zaostrzyły się animozje pomiędzy księciem a pozostałymi generałami, zwłaszcza gen. Zajączkiem, który po dostaniu się do niewoli Kościuszki, został naczelnikiem powstania. On też rozpowszechniał nieprawdziwe, krzywdzące informacje dotyczące księcia, stawiające go w złym świetle. Zawarł je m.in na kartach napisanego przez siebie pamfletu pt. „Historia rewolucji polskiej w 1794 r.”, wydanego w 1797 r.
W rzeczywistości ks. Józef, stojąc na czele swych oddziałów, osobiście poprowadził wiele brawurowych, mocnych ataków w starciu z wojskiem pruskim. Kontrowersje wzbudziła dopiero decyzja księcia (którą podjął pod koniec października) dotycząca rezygnacji z udziału w powstaniu. Oskarżono go wtedy o dezercję. Być może uczynił to z powodu nalegań króla, który dążył do jak najszybszej kapitulacji stolicy oraz wygaszenia insurekcji. Ks. Józef tuż po ogłoszeniu kapitulacji Warszawy (6 XI) w grupie jedenastu generałów podał się do dymisji, czego efektem był bunt podległych mu żołnierzy, którzy porzucili wtedy broń i opuścili pole walki. Opinia publiczna przypisała ks. Józefowi całą winę za tak haniebny finał jego dywizji.
Książę, w przeciwieństwie do Kościuszki, negatywnie odnosił się do „improwizowanych działań z udziałem ludu lub źle wyszkolonych formacji wojskowych mieszczaństwa”. Nie wierzył w powodzenie takich działań wojennych. Historyk Szymon Askenazy pisał o księciu: „Nigdy nie był człowiekiem insurekcji – z urodzenia, wychowania i służby – tkwiło w nim wiele pojęć monarchistyczno-arystokratycznych (…)”.
Nie mniej książę Józef swym udziałem w insurekcji wyraźnie zamanifestował, że „odcina się od targowickiej polityki zdrady i królewskiej, bezsilnej rezygnacji i należy do obozu walczącego o niepodległość. (…) Umocnił swój związek z Polską i polskością”.
Po niepowodzeniu insurekcji upadek Rzeczypospolitej był kwestią czasu, co doskonale czuli warszawiacy. Żegnali króla opuszczającego wtedy na zawsze stolicę, jako „ostatni symbol ginącej Rzeczypospolitej”. Król wyjeżdżał 7 I 1795 r. z Warszawy do Grodna, gdzie miał spędzić ostatnie chwile swego życia pod „nadzorem” wileńskiego generała gubernatora Mikołaja Repnina; z czasem zamieszkał w Petersburgu. Jego bratanek odmówił towarzyszenia stryjowi w tej podróży, jak i zamieszkania z nim w Grodnie. Nie spełnił także jego prośby złożenia przysięgi wierności Katarzynie II. A zdaniem króla, gest ten zabezpieczyłby księcia przed utratą majątków ziemskich i wszelkich nieruchomości ze strony Rosji.
Książę zamieszkał w Warszawie w Pałacu Pod Blachą, który otrzymał od króla; rezydował także w pałacu w Jabłonnie, który stanowił spadek po zmarłym stryju, prymasie.
Wkrótce miał rozpocząć się nowy okres w życiu księcia Józefa: dwanaście lat „w zupełnej bezczynności publicznej”.
Przez trzy lata mieszkał w Wiedniu przy Alster 125 wraz z markizą Henriettą de Vauban. Jej mąż, Jacques Anne de Vauban, należał do wędrującego przez Europę dworu brata Ludwika XVI, przyszłego króla Francji, Ludwika XVIII. Książę poznał to francuskie małżeństwo jeszcze w 1794 r. i od początku jego kontakty z nim były nader dwuznaczne; podobno książę wypłacał markizowi drobne sumy pieniędzy – być może za dostarczone informacje o „europejskich nowościach i plotkach politycznych”. W każdym razie markiz trudnił się świadczeniem dyskretnych, poufnych „usług informacyjno-policyjnych” różnym mocarstwom europejskim.
W tym samym czasie w Wiedniu zamieszkała siostra księcia, a markiza występowała bez męża jako jej najlepsza przyjaciółka i powiernica. A z czasem zawojowała też księcia, chociaż żadne uczucie ich nie połączyło. Od tej pory książę już „nie był panem ani swego domu, ani majątku, ani czasu i nie mógł zaprosić do siebie, kogo by mu się podobało”. O wszystkim decydowała markiza, która, choć wcale nie urodziwa, otaczała się wieloma mężczyznami.
Książę zmagał się w tamtym czasie z różnymi chorobami, m.in. „febrą nerwową” oraz z kłopotami finansowymi.
Utrzymywał też luźne kontakty z polską arystokracją przebywającą na emigracji. Wymigał się złym stanem zdrowia (co poświadczył lekarz) od przyjazdu do Petersburga na koronację nowego cara Pawła I (obejmował tron po śmierci Katarzyny II) oraz od służby wojskowej w carskim wojsku. Przysięgę wierności złożył zamiast carowi, ambasadorowi Rosji we Wiedniu, który potwierdził wobec cara świadectwa lekarskie księcia. Car zaakceptował rezygnację księcia ze służby wojskowej oraz zdjął sekwestry nałożone na majątki księcia. Ten zaś wkrótce sprzedał je (za pośrednictwem plenipotenta), uniezależniając się tym samym od łaski cara.
Ks. Józef nie stał się zwolennikiem orientacji prorosyjskiej, jak duża część polskiej arystokracji; długo też daleki był od sympatii wobec Napoleona Bonaparte, który w 1796 r. zasłynął świetnymi zwycięstwami przeciw Austrii i Sardynii. Nie popierał także Francuzów, którzy walczyli o przywrócenie dawnego porządku w ich kraju. Wykazywał również bierność wobec jakichkolwiek przejawów ruchu narodowego, np. nie wstąpił do Legionów Polskich tworzonych przez gen. Dąbrowskiego we Włoszech w 1797 r.
W 1798 r. książę pojechał do Petersburga na pogrzeb stryja (Stanisław August zmarł tam 12 lutego tegoż roku). Podobno książę zabrał stamtąd płaszcz zmarłego – jako jedyny symbol majestatu byłego monarchy – i złożył go na Wawelu. Po kilku miesiącach spędzonych w stolicy Rosji zamieszkał na stałe w Warszawie. Tam zajął się porządkowaniem spraw majątkowych zmarłego stryja, w tym jego długów. Nie było to łatwe zadanie, zwłaszcza, że Stanisław August nie sporządził testamentu. Poza tym wiele zależało od przychylności zaborców. Roszczenia wierzycieli nie były w pełni usprawiedliwione. Do tego dochodziły także nieuczciwe działania urzędników pruskich (część dóbr królewskich znajdowała się w obrębie zaboru pruskiego). Przedsięwzięcie to okazało się trudne i długotrwałe; pełnej jego realizacji – uporządkowania spraw finansowych i majątkowych króla – książę Józef nie doczekał.
Książę z Petersburga przyjechał do Warszawy, gdzie ponownie zamieszkał w Pałacu pod Blachą (a latem wyjeżdżał do Jabłonnej), który w sumie liczył 45 pokoi (korpus główny i dwa skrzydła). Tu ks. Józef – z powodu swego nadto rozrywkowego, wystawnego trybu życia – zyskał miano „pana zabawy” lub „Alcybiadesa spod Blachy”. Wraz ze swym otoczeniem spędzał czas na szalonych zabawach, balach, wystawnych obiadach, zawadiackich kawalkadach, awanturach, pojedynkach, polowaniach itp.
Zamieszkała z nim ponownie siostra oraz markiza de Vauban, która niebawem zaczęła ponownie kierować dworem księcia, a także sprawować nadzór nad jego majątkiem i wydatkami oraz nad całym światem arystokratycznym ówczesnej Warszawy. „Całą Warszawę trzymała pod ścisłą ferulą” [ferula – linia, którą bito uczniów po rękach za różne przewinienia]. Np. wymagała, „aby wszystkie damy jej się prezentowały, jeśli do Warszawy przybędą”. Nie mniej księcia Józefa otaczały też inne kobiety, wśród których z czasem najważniejszą stała się Zofia Czosnowska.
Warszawiacy nie byli przychylnie nastawieni do „towarzystwa” z Pałacu pod Blachą, krytykowali wystawny tryb życia oraz odcięcie się od jakichkolwiek działań niepodległościowych. Potępiali też księcia Józefa za zorganizowanie w jego pałacu francuskiego teatru amatorskiego, którego działalność pozbawiona była jakichkolwiek akcentów patriotycznych.
Nowa sytuacja polityczna w Europie z początku XIX w. zaczęła pomału wywierać wpływ na zmianę postawy księcia i zmianę jego sposobu myślenia. Sukcesy Napoleona Bonapartego sprawiły, że zaniepokojeni zaborcy, Prusy i Rosja, zaczęli szukać poparcia wśród Polaków i łudzić ich nadzieją na poprawę ich sytuacji, a nawet częściowe odzyskanie niepodległości pod ich protektoratem. Zarówno car, jak i król Prus próbowali pozyskać księcia Józefa dla realizacji swoich planów. Np. król Fryderyk Wilhelm III wskazywał na Poniatowskiego jako kandydata na wodza polskich formacji wojskowych, które u boku armii pruskiej miały walczyć przeciwko Napoleonowi.
Sytuacja w Europie była dynamiczna. Władcy krajów europejskich nie spodziewali się takiego biegu wypadków. Wojska francuskie w październiku 1806 r. wkroczyły na teren Saksonii – głównego sojusznika Prus. Po wygraniu zwycięskich bitew (pod Jeną i Auerstadt), Francuzi rozpoczęli marsz w kierunku wschodnim. W listopadzie zaczęli zajmować dawne polskie miasta, np. Poznań i Toruń. Napoleonowi zależało na pozyskaniu dla swej sprawy Polaków, chociaż początkowo nie czynił żadnych konkretnych obietnic dotyczących odzyskania niepodległości przez Polskę. Zresztą, kilka lat później powiedział do ambasadora Rosji w Paryżu: „Nie myślę przywrócić Polski. (…) Lecz jeśli mnie zmusicie do wojny, posłużę się Polską jako środkiem przeciw wam”.
W tej nowej sytuacji politycznej w 1806 r. naród polski w znacznej części przyjął postawę wyczekującą. Dotyczyło to także ks. Józefa. Jesienią, na rozkaz Napoleona, gen. Dąbrowski wraz gen. Wybickim wydali odezwę do Polaków. Zachęcali ich do walki u boku wojsk francuskich.
Tuż przed przed zajęciem Warszawy przez Francuzów, Prusacy zarządzili ewakuację pruskich kas i urzędów oraz wojska z tego miasta. Król pruski wystosował do księcia Poniatowskiego list, w którym polecił mu czuwać nad spokojem w mieście.
Niebawem (27 listopada) wojska francuskie wkroczyły do miasta witane entuzjastycznie przez mieszkańców. Następnego dnia ks. Józef, na czele polskiej delegacji, witał u rogatek miasta francuskiego marszałka, Joachima Murata, jadącego od strony Poznania. Następnie ugościł go w swoim pałacu i na jego cześć wydał wielki bal. Książę w imieniu innych przedstawicieli polskiej arystokracji (zwłaszcza patriotycznej części, do której należeli politycy doby Sejmu Czteroletniego) deklarował gotowość poparcia Napoleona, jednakże chciał skłonić wodza Wielkiej Armii do wyraźniejszych obietnic wobec Polaków. Sam książę z początku hamował entuzjazm rodaków, obawiając się, czy ten nie zechce wykorzystać polskich formacji wyłącznie do realizacji swoich celów.
3 XII Murat, dzięki inicjatywie Józefa Wybickiego, powołał Izbę Najwyższą Wojenną i Administracji Publicznej, która dwa dni później wydała odezwę do byłych żołnierzy wojsk polskich z departamentu warszawskiego, by zgłaszali się do kwatery głównej.
7 XII, na mocy decyzji Murata i dzięki poparciu Napoleona, ks. Józef objął stanowisko wodza tworzącej się armii polskiej. Za jego kandydaturą opowiedzieli się arystokraci ze stronnictwa patriotycznego, dla których książę był symbolem i zapowiedzią kontynuacji Rzeczypospolitej, co miało znaczenie dla mentalności polskiej szlachty. Był też wygodnym kandydatem dla Napoleona. Organizację i strukturę armii książę musiał uzgadniać z Muratem. Poza tym, siły polskie podlegały dowódcy 3 Korpusu Wielkiej Armii – marszałkowi Davoutowi, który lekceważąco odnosił się do księcia. Wkrótce po objęciu stanowiska ks. Józef wydał „Odezwę do dawnych towarzyszów broni”, rozpoczynając akcję werbunku do tworzonego wojska.
W czasie pierwszej wizyty Napoleona w Warszawie, w dniach 19–23 XII, ks. Józef spotkał się z nim osobiście. W czasie kolejnej, w styczniu następnego roku, przedstawił Napoleonowi obszerny memoriał w sprawie polskiej, uzgodniony w grupą bliskich mu polityków. Niestety, Napoleon zbył go milczeniem.
15 I 1807 r. Poniatowski otrzymał nominację na dyrektora Wydziału Wojskowego z ramienia Komisji Rządzącej (utworzonej przez Napoleona). Do jego zadań należało zadbanie o wyposażenie wojska w broń i amunicję, mundury i obuwie, utworzenie i wyposażenie magazynów (żywności i furażu), zapewnienie wojsku podstawowej służby medycznej oraz zakwaterowania, a także ćwiczenie tworzonych oddziałów wojskowych.
Dodatkowo książę musiał opracować zasady funkcjonowania administracji swego resortu, a także utworzyć ją od podstaw. Poza tym jako dyrektor wydziału wchodził w skład Dyrektorium Generalnego. Współpracował z Komisją Rządzącą, której posiedzenia odbywały się w pałacu Stanisława Kostki Potockiego (dziś siedziba Ministerstwa Kultury i Sztuki).
W czasie pobytów Napoleona w Warszawie książę organizował uroczyste parady swoich oddziałów przed wodzem Wielkiej Armii. Niejednokrotnie był także gospodarzem i organizatorem balów wydawanych na cześć wodza. Według niektórych pogłosek miał się osobiście przyczynić do zawarcia znajomości Napoleona z Marią Walewską.
Przez cały czas pełnienia obowiązków dyrektora Wydziału Wojny książę zmagał się z brakiem funduszy; próbował egzekwować środki finansowe od Komisji Rządzącej – z różnym skutkiem. Oddziały tworzone przez niego były źle uzbrojone, słabo wyszkolone oraz źle zaopatrzone w żywność. Być może dlatego duży procent żołnierzy przebywał w lazaretach. Poniatowski napotykał również na kłopoty z rekrutacją oraz z dezercją. Narażał się tym samym na krytykę ze strony Napoleona. Z kolei Komisja Rządząca zarzucała mu złe gospodarowanie funduszami przeznaczonymi na cele wojskowe.
Z drugiej strony, trudno się dziwić brakom funduszy, na co narzekał ks. Józef. Kraj był zniszczony przez przetaczające się wojny. Gospodarka odradzającego się państwa oparta była na słabo rozwiniętym rolnictwie. Dodatkowo Polacy zostali zmuszeni do utrzymywania własnym sumptem wojsk francuskich i saskich. Powstająca polska armia wymagała dodatkowych nakładów finansowych. Książę Józef protestował przeciwko wszelkim oszczędnościom dotyczącym jego resortu. Potrzeby finansowe były duże, chociażby z uwagi na konieczność rozbudowy fortyfikacji, budowę koszar itp.
Środowisko ówczesnych polskich generałów i polityków było mocno podzielone, istniały w nim różne animozje. Dochodziło do mocnych tarć, intryg i podżegania. Niektórym zależało na zdymisjonowaniu Poniatowskiego. Byli za to odpowiedzialni dawni jego wrogowie: generałowie Zajączek i Dąbrowski. To oni rozpuszczali nieprawdziwe informacje na jego temat. Do dymisji nie dopuścili Francuzi, zwłaszcza marsz. Murat, który interweniował w tej sprawie u Napoleona.
Wzajemne niechęci jednak pozostały i z czasem zaczęło dochodzić do burd pomiędzy zwolennikami księcia a zwolennikami Dąbrowskiego i Zajączka.
Początkowo polskie społeczeństwo chętnie ponosiło ofiary na rzecz wojska; entuzjazm osłabł po utworzeniu Księstwa Warszawskiego, które powstało jedynie z ziem odebranych Polsce przez Prusy na mocy II i III rozbioru. Nie było też państwem samodzielnym, zostało połączone osobą monarchy i polityką zagraniczną z Księstwem Saskim (sprzymierzeńcem Napoleona). Nadzieje Polaków ponownie wzrosły na wieść o planowanych kampaniach Napoleona przeciwko Austrii lub Rosji.
W lipcu 1807 r., w czasie pobytu w Dreźnie, książę został odznaczony przez Napoleona Legią Honorową. 7 X awansował na stanowisko ministra wojny, zyskując miejsce w Radzie Stanu Księstwa Warszawskiego i w Radzie Ministrów. Od tej pory uczestniczył regularnie w jej posiedzeniach, w Pałacu Krasińskich. Otrzymał szerokie kompetencje w sprawach dotyczących wojska, także szkół wojskowych, budynków, sprzętu wojskowego, archiwów, sądów. De facto to marsz. Davout, niechętnie nastawiony do księcia, decydował o „wszystkich ważniejszych sprawach organizacyjnych Księstwa Warszawskiego” i niejednokrotnie zmieniał lub anulował jego decyzje.
21 X 1807 r. książę towarzyszył uroczystemu wjazdowi do Warszawy Fryderyka Augusta – króla saskiego. Poniatowski wygłosił mowę powitalną, w której przedstawił obecną armię jako kontynuatorkę armii Rzeczpospolitej. Wspomniał także o nadziejach Polaków na wywalczenie za jej sprawą niepodległości kraju.
Biura Ministerstwa Wojny mieściły się w Pałacu pod Blachą. Książę Józef nie lubił pracy administracyjnej, jednak wykonywał ją rzetelnie. Wszelkie „pisma przedstawiane mu do podpisu lub zatwierdzenia czytał dokładnie i w razie potrzeby poprawiał. (…) Już w czasie pierwszych kilkunastu miesięcy urzędowania, oprócz tysięcy listów, rozkazów, sprawozdań itp. musiał 3939 not ręcznie sobie podanych (…) rozwiązać”.
Największym sukcesem ministra wojny było utworzenie Sztabu Generalnego (formowanego od schyłku 1808 r.). Jego szefem został gen. Stanisław Fiszer, były adiutant Kościuszki.
Ks. Józef wprowadzał francuskie regulaminy wojskowe oraz francuskie przepisy prawne dotyczące wojskowości. W kolejnych latach tłumaczył z języka francuskiego najnowsze regulaminy i regularnie wprowadzał zmiany w już obowiązujących. Utrzymywał istniejące szkoły wojskowe i tworzył nowe, np. szkoły kadetów w Kaliszu i Chełmnie oraz Szkołę Elementarną Artylerii i Saperów. Założył też Szkołę Lekarską, która w przyszłości stała się jednym z dwóch podstawowych członów Uniwersytetu Warszawskiego.
Bardzo dbał o weteranów; być może rozumiał ich rolę w umacnianiu tradycji narodowej, patriotyzmu w społeczeństwie. Starał się o utworzenie specjalnego funduszu dla weteranów oraz o szukanie dla nich miejsc pracy poza wojskiem. Prawdopodobnie z inicjatywy księcia król saski przywrócił order Virtuti Militari i w pierwszej kolejności udekorował go Wielkim Krzyżem tego orderu 25 II 1809 r.
Wraz z utworzeniem Księstwa Warszawskiego ożywiło się życie towarzyskie w stolicy, jednakże przyjęcia i bale nie były już tak huczne, jak niegdyś. Podobnież stroje i biżuteria zapraszanych dam była skromniejsza, jak i dania tam serwowane. Niewątpliwie przyczyniła się do tego blokada kontynentalna z Anglią oraz zubożenie kraju. „Ośrodkiem głównym ożywienia i wesołości” pozostał Pałac pod Blachą. Na urządzane tam bale wstęp wolny obowiązywał wszystkich oficerów polskich i francuskich.
Popularność markizy de Vauban przybladła; w czasie balów zaczynały rej wodzić „dowcipna, inteligentna i pełna temperamentu” siostrzenica księcia Józefa oraz jej matka, podobnież Zofia Czosnowska – „kształtna blondynka, śnieżnej bladości”. Ponadto krewni lub znajomi księcia organizowali wystawne zabawy z okazji jego urodzin lub imienin. Ten zaś lubił „życie okazałe, wygodne, przyjemne”, a bale pozostały jego ulubioną rozrywką w tym krótkim czasie pokoju. Potrafił łączyć harmonijnie życie towarzyskie z wypełnianiem obowiązków ministra. Jego dzień wypełniony był obowiązkami po brzegi; spał najwyżej 5-6 godzin.
Idyllę tę zakłóciła wojna wypowiedziana Napoleonowi (czego ten się nie spodziewał) przez Austrię w 1809 r. Tuż przed wkroczeniem wojsk austriackich do Księstwa Warszawskiego ks. Józef został mianowany wodzem naczelnym wszystkich wojsk pozostających w Księstwie. Jego bezpośrednim zwierzchnikiem został marsz. Bernadotte – dowódca IX Korpusu Wielkiej Armii.
15 IV 1809 r. Poniatowski otrzymał list od wodza wojsk austriackich, w którym ten zapowiadał, że za 12 godzin wkroczy na teren Księstwa Warszawskiego. Arcyksiążę Ferdynand liczył na szybkie zwycięstwo. Rozwinął propagandę wśród Polaków, łudząc ich nadawaniem przywilejów oraz próbując zniechęcić ich do Napoleona. Nie wierzył, że polskie wojska stawią opór.
19 IV Polacy stoczyli z Austriakami zwycięską bitwę pod Raszynem, w której ks. Józef brał osobiście udział. „Brawura księcia przeszła do legendy i wzmocniła zaufanie żołnierzy do wodza”. Po zakończeniu bitwy wódz wojsk polskich zdecydował się na przystąpienie do negocjacji pokojowych; uważał, że obrona stolicy mogłaby przynieść klęskę Polaków przy jednoczesnych zbyt dużych stratach w ludziach. Dlatego zgodził się na zajęcie Warszawy przez Austriaków pod pewnymi warunkami. I tym razem warszawiacy uznali ten gest Poniatowskiego za zdradę. Kiedy opuszczał wraz z wojskiem stolicę, padały m.in. okrzyki: „Stryj sprzedał Polskę Moskalom, ten ją teraz Austriakom sprzedaje!”.
Polacy jednak nie zaprzestali walki; niebawem stoczyli zwycięskie bitwy pod Radzyminem i Grochowem. Poniatowski ruszył do Galicji, by wyzwolić ją spod panowania Austrii. Duże sukcesy w tej kampanii zawdzięczano takim dowódcom, jak: Sokolnicki, Zajączek i Dąbrowski. Polskie wojska były witane entuzjastycznie przez Polaków zamieszkałych na tych ziemiach, niezadowolonych z austriackiego panowania. Część mieszkańców Galicji wstąpiła do wojska Poniatowskiego. Austriacy nie przewidzieli takiego obrotu sprawy, dlatego pozostawili w Galicji nieliczne oddziały wojskowe. Zapewniło to sukcesy odnoszone przez Polaków związane z wyzwalaniem poszczególnych miast.
Książę szybko zyskał popularność wśród w Galicji, jako „rycerz wybawca”. Zresztą nie tylko w Galicji. Ta popularność będzie już towarzyszyć księciu do końca życia, gdyż przyczynił się do wielkiego sukcesu militarnego, który wieńczył jedyną zwycięską kampanię wojskową przeprowadzoną przez Polaków na przełomie XVIII i XIX w.
O dużej popularności księcia będą świadczyć w przyszłości liczne bale, jakie organizowano na jego cześć z dobrowolnych składek żołnierzy oraz uroczyste obiady w arystokratycznych salonach warszawskich. W 1811 r. hucznie obchodzono w Pałacu Saskim imieniny księcia. Była to podobno „najświetniejsza uczta Księstwa Warszawskiego”. Bal otworzyły „najczcigodniejsze damy”, które zaprosiły żołnierzy do poloneza. Na honorowym miejscu ustawiono popiersie Poniatowskiego z okolicznościowym napisem sławiącym solenizanta, porównującym go ze zwycięskim i prawym Germanikiem. Jeden z woskowych zakrzyknął podobno: „Życzymy, abyś został królem!”.
Wracając do kampanii 1809 r. – brał w niej udział jako bardzo młody oficer, przyszły komediopisarz – Aleksander Fredro. Swoje wspomnienia zawarł w pamiętniku zatytułowanym „Trzy po trzy”.
6 V książę wydał pierwszą odezwę do Galicjan, w której zaapelował do patriotycznego czynu i ofiarności: „Przyłóżcie się do wielkiego dzieła wskrzeszenia wspólnej ojczyzny”. Jednocześnie informował lokalnych patriotów o przewadze wojsk austriackich i wynikających stąd niepewnych dalszych losów Galicji. Dlatego nie nawoływał do podjęcia natychmiastowej walki, ale dawał możliwość świadomego podjęcia decyzji. Uczynił to dopiero w drugiej odezwie. Wzywał Galicjan, „by stawali dzielić trudy wojny przez miłość ojczyzny Polakom uprzyjemnione”. W ten sposób zaczął tworzyć regularne oddziały wojskowe. Z jego inicjatywy zaczęły powstawać w Galicji organy administracji terenowej oraz oddziały gwardii narodowej.
Na początku czerwca Poniatowski powołał Rząd Wojskowy Tymczasowy Centralny pod protekcją „Najjaśniejszego Cesarza i Króla Napoleona Bonaparte”; jego prezesem uczynił Stanisława Zamoyskiego, jednego z najbogatszych arystokratów galicyjskich. Niebawem, niestety, ujawniły się tarcia pomiędzy jakobinami polskimi (stanowiącymi większość w Radzie Stanu, czyli rządzie Księstwa Warszawskiego) a konserwatystami galicyjskimi, zasiadającymi w Centralnym Rządzie Tymczasowym. Radzie Stanu przeszkadzała zbyt wielka samodzielność władz Galicji, które popierał Poniatowski. Ten zaś, z końcem 1809 r., musiał (na rozkaz króla saskiego) rozwiązać ten organ i podporządkować władzę w Galicji rządowi Księstwa.
14 X 1809 r. Francja podpisała traktat pokojowy z Austrią. Trzy dni później wojska ks. Józefa zajęły Kraków; Austriacy początkowo domagali się zwrotu miasta, ponieważ zostało zajęte już po podpisaniu traktatu pokojowego. W Krakowie hucznie świętowano wyzwolenie miasta spod panowania austriackiego. Książę Józef odwiedził tam katedrę, grobowce polskich królów oraz zamek królewski. Nadal pozostawał niezależnym od Rady Stanu zwierzchnikiem tutejszej administracji oraz wojska. W połowie lipca opracował dla Napoleona obszerny „Raport o kampanii 1809 r. i zajęcia Krakowa”. Nadał mu „charakter panegiryczny”, być może chcąc zjednać sobie wodza Wielkiej Armii dla sprawy polskiej.
W tamtym czasie otrzymał wiadomość, że Zofia Czosnowska urodziła mu syna, Józefa juniora, który dopiero po latach, dzięki inicjatywie siostry księcia, otrzymał nazwisko ojca.
Książę Józef został odznaczony w 1809 r. przez Napoleona Wielkim Krzyżem Legii Honorowej, Wielkim Krzyżem obojga Sycylii. Otrzymał też od cesarza Francuzów pałasz honorowy, zaś od Fryderyka Augusta dobra starostwa osieckiego w powiecie garwolińskim. Sukcesy militarne księcia uwiecznili ówcześni poeci np. Molski.
Po zakończeniu kampanii w Galicji ks. Poniatowski nie chciał wracać do Warszawy na czele wojska (zastąpił go gen. Dąbrowski). Być może zaważyło na tym owo nieprzyjemne pożegnanie ze strony warszawiaków, kiedy opuszczał stolicę przed tą kampanią. Dlatego wolał przybyć tu inocgnito, nieco później od Dąbrowskiego. Po powrocie do Warszawy Poniatowski zajął się ponownie sprawami administracyjnymi w podlegającym mu ministerstwie.
3 IX 1810 r. opracował i wprowadził „Przepisy ubiorów dla wojsk i administracjów wojennych Księstwa Warszawskiego”, które zawierały bardzo szczegółowe opisy umundurowania żołnierzy wszystkich stopni i rodzajów broni, służb pomocniczych oraz administracji ministerstwa. Przepisy te zostały zrealizowane tylko częściowo. Stanowiły one „element szerokiej reorganizacji wojska i całego resortu, która wynikała z powiększenia armii i włączenia do niej jednostek francusko-galicyjskich”. Codziennie też przeprowadzał ćwiczenia żołnierzy – na Placu Saskim lub na polach pod Wolą. „Przejeżdżał przed frontem żołnierzy na dzielnym koniu w tym ułańskim stroju, w którym mu było tak do twarzy, w zimie w legendowej burce”.
7 V 1810 r. ks. Józef witał w Bronowicach Fryderyka Augusta, który przybył z wizytą do Krakowa (był to ostatni postój przed wjazdem do dawnej stolicy Polski). Książę towarzyszył królowi w jego podróży po Księstwie; Fryderyk August w dalszej kolejności udał się do Warszawy, a następnie dokonywał inspekcji fortyfikacji, np. twierdzy Modlin.
O dalszych losach ks. Józefa – na tle burzliwych dziejów naszego narodu – w części trzeciej, zarazem ostatniej.
